1 Prill 2009, data e hyrjes në fuqi të MSA shënon një fazë të re të marrdhenieve tona me Bashkimin Europian, ku qeveria shqiptare është plotësisht e angazhuar të përballojë me sukses cdo angazhim që rrjedh prej saj. Bazuar në arritjet e deritanishme dhe në fazën që ndodhet procesi i integrimit Europian të vendit në Bashkimin Europian, Ministria e Integrimit si organi përgjegjës për ndjekjen dhe koordinimin e politikave të Bashkimit Europian dhe si institucioni që bën drejtimin teknik dhe bashkërendimin e procesit të integrimit ka përcaktuar prioritetet e mëposhtme për përshpejtimin e reformave integruese të vendit:

-          Forcimi i kapaciteteve te Ministrisë se Integrimit dhe rolit të saj horizontal, për te rritur më tej efektivitetin në monitorimin e implementimit të angazhimeve ne kuadër të MSA-së si dhe plotësimin e detyrimeve që do të dalin nga marrja e statusit të vendit kandidat ,sfida e ardhshme të përballimit të negociatave për anëtarësim;

-          Mbështetja për Drejtoritë e Integrimit Europian dhe strukturat e brendshme koordinuese institucionale, në Ministritë e Linjës dhe institucione të tjera shtetërore me qëllim mirëfunksionimin dhe rritjen e rolit të tyre në procesin e integrimit evropian;

-          Mbështetja dhe forcimi i strukturave përkatëse nga niveli më i lartë i ekzekutivit deri në nivelin teknik të ekspertëve, të cilat përfaqësojnë qeverinë shqiptare në strukturat e përbashkëta BE – Shqipëri (Këshilli i Stabilizim Asociimit, Komiteti i Stabilizim Asociimit dhe Nën-komitetet), te cilat mbikëqyrin zbatimin dhe realizimin e Marrëveshjes se Stabilizim Asociimit;

-          Rishikimi periodik i Planit Kombëtare te Zbatimit te MSA-s, me një fokus te veçante ne aspektet qe lidhen me afatet e përcaktuar sipas detyrimeve te MSA-s, si dhe adresimin e problematikes dhe rekomandimeve te Raport Progresit te Komisionit Evropian;

-          Riorganizimi i strukturave dhe trajnimi i vazhdueshëm i administratës publike për tu përballur me fazat e mëtejshme me marrjen e ststusit te vendit kandidat;

-          Mbështetja e projekteve për zhvillimin ekonomik e social të vendit dhe forcimin e kapaciteteve institucionale nga programi i asistencës së Bashkimit Europian - IPA, si dhe zhvillimi i zonave kufitare e bashkëpunimit rajonal nëpërmjet programeve ndërkufitare të Bashkimit Europian;

-          Bashkëpunimi me vendet e rajonit dhe Kosovën për një përqasje të përbashkët drejt BE; Zbatimi i CEFTA-s;

-          Intensifikimi i mëtejshëm i përpjekjeve ne drejtim te forcimit te kapaciteteve administrative, duke u zhvilluar programe te specializuara trajnimi për administratën publike për çështje që kanë të bëjnë me integrimin Evropian;

-          Përafrimi i plotë i kuadrit ligjor me acquis, sipas fazave të përshkruara në PKZMSA, e mbështetur kjo me një kuadër ligjor te brendshëm dhe koordinimi i grupeve të punës për përafrimin e legjislacionit sipas kapitujve të acquis communautaire;

-          Përkthimi i acquis communautaire (rreth 10,000 faqe/vit);

-         Fillimi i negociatave për anëtarësimin në Bashkimin Europian.